成為汎用人型決戰兵器「EVA」駕駛員的14歲少年碇真嗣，要和稱為「使徒」的神秘敵人戰鬥。碇真嗣和同樣是福音戰士駕駛員的綾波零、式波·明日香·蘭格雷一起，迎擊侵襲過來的使徒。NERV，以及14歲的少年少女將會如何面對迎面而來的危機？而又會有怎樣震撼的命運等待著他們呢？

導致一半人類死亡的「第二次衝擊」發生後15年……神秘的敵對生物「使徒」迫近正在復興的人類。能與其對抗的就只有汎用人型決戰兵器「EVA」。被選中成為駕駛員的14歲少年「碇真嗣」，連戰鬥的理由也未弄清楚就要面對賭上人類命運的戰鬥。使徒究竟是甚麼？而隱藏在第二次衝擊背後的「人類補完計劃」的真相又是甚麼？