這是一個講述了「機動戰士高達 馬沙之反擊」3年後的宇宙世紀的原創動畫系列。把寫出了「亡國神盾艦」和「終戰的羅蕾萊」等知名小說的福井晴敏先生筆下的同名小說，一絲不茍地改編成動畫，無疑是一部傾力之作。其故事不但能夠讓人感受到由初代高達延續下來的歷史外，多部已經設計好了卻從沒在動畫登場的機動戰士亦有出場並活躍於戰場之上，因而受到了高達迷絕大的讚賞。

時值宇宙世紀0096年，在「馬沙·亞斯洛布的叛亂」發生之3年之後，歷史巨輪再次轉動。新自護軍餘黨「帶袖的」和地球聯邦軍為了與宇宙世紀開端共存亡的「拉普拉斯之盒」而對立。被捲入這場戰爭的巴納吉，在命運的安排下遇上了神秘少女奧黛莉。駕駛隱藏了「拉普拉斯之盒」秘密的機動戰士「獨角獸高達」的巴納吉，在戰場上會得知怎樣的真相！？